В апреле программа не применила вычет, в связи с этим введена корректировка вычетов в мае за апрель. В декабре программа сторнирует вычет за апрель(хотя  с января-по апрель вычет положен). Почему так происходит? 

Добрый день.
введена корректировка вычетов в мае за апрель.
Корректировку можно вводить на фактически предоставленные вычеты, если вычет не был предоставлен - как ввели корректировку? Либо обновления ставите намного позже выхода релиза (в документ Корректировка были внесены изменения и можно вносить только на фактические).
Программа анализирует положенные вычеты и предоставленные по периодам. Для начала проверьте историю положенных вычетов (Сотрудники - Перейти - Вычеты)
Затем проверьте Регистр накопления Фактически предоставленные вычеты (Операции). Установите отбор по ФИО и проверьте, чтобы месяц и период действия соответствовали.
Если все в порядке - ближайшая Выплата подтянет положенные вычеты. Скорее всего возможны пересорты периодов.
Если не получается самостоятельно, обратитесь на Линию консультации.